Oprogramowanie COBAEX oparte jest na 3 warstwach:

• Warstwa Platformy (na slajdach niebieska)
• Warstwa zainstalowanych Aplikacji Standardowych (na slajdach czerwone)
• Warstwa Dostosowań aplikacji i platformy do wymagań Klienta (na slajdach zielone)

W ramach Platformy zdefiniowane są takie elementy systemu jak:

• Mechanizmy zarządzania użytkownikami wszystkich aplikacji - w tym zarządzanie profilami dostępu do funkcji systemu oraz zarządzanie modelem organizacyjnym determinującym dostęp do danych w ramach systemu
• Podstawowe obiekty biznesowe - takie jak Klient, Osoba kontaktowa, Adres, Telefon itp. oraz słowniki (mechanizmy zarządzania danymi słownikowymi - jedno- i wielopoziomowymi)
• Podstawowe procesy biznesowe - implementacja mechanizmów przepływu statusów, przepływu dokumentów (dokumenty follow-up), wewnętrzna komunikacja itp.
• Zarządzanie podstawowym interfejsem użytkownika - mechanizmy generowania i kontroli interfejsu aplikacji

W ramach Aplikacji Standardowych zaimplementowane są podstawowe, standardowe procesy i obiekty biznesowe, na których te aplikacje pracują.
Obiekty biznesowe zaimplementowane w aplikacjach mogą zarówno dziedziczyć (pochodzić od) obiektów zdefiniowanych na poziomie Platformy rozszerzając ich możliwości, jak i mogą stanowić nowe, niezależne obiekty. Zalecanym jest jednak, aby każdy obiekt biznesowy zdefiniowany w systemie pochodził od obiektu BIN_LIB_BizObject zdefiniowanego na poziomie Platformy i będącego wzorcem dla obiektów biznesowych w ramach systemu.
Procesy realizowane przez poszczególne aplikacje mogą stanowić zarówno nowe procesy biznesowe, jak i mogą wykorzystywać odpowiednio zmodyfikowane pod kątem wymagań aplikacji procesy zdefiniowane na poziomie Platformy.

Warstwa Dostosowań pozwala na modyfikację lub rozszerzenie funkcjonalności zarówno obiektów i procesów zdefiniowanych na poziomie Aplikacji Standardowych, jak i na poziomie Platformy. W szczególności warstwa ta pozwala na kompletną zmianę lub nawet wyłączenie pewnych funkcji - w tym tych zaimplementowanych na poziomie Aplikacji Standardowych jak i Platformy.
Istotnym jest fakt, że usunięcie Dostosowań (fizyczne wykasowanie odpowiednich plików i obiektów bazy danych) spowoduje powrót systemu do pracy w sposób standardowy.

Podczas gdy Platforma i Aplikacje Standardowe przekazywane są w formie zamkniętego kodu (szyfrowanie za pomocą oprogramowania Zend Guard), Dostosowania przekazywane są Klientowi w formie kodu otwartego z pełnym prawem do jego modyfikacji.
Modyfikacja na poziomie Dostosowań nie powoduje utraty gwarancji na Platformę i Aplikacje Standardowe.

Od strony technicznej oprogramowanie COBAEX oparte jest o bazę danych PostgreSQL oraz język programowania PHP.
W ramach bazy danych każda z warstw jak i każda z aplikacji posiada własny schemat, przy czym poszczególne tablice wykorzystują mechanizmy dziedziczenia i współdzielenia danych.
Serwer aplikacyjny realizujący logikę biznesową rozwiązania, napisany z użyciem języka PHP korzysta z mechanizmów abstrakcyjnego dostępu do bazy danych dostarczanych przez Zend Framework. Jednocześnie na poziomie samych plików występuje pełna separacja poszczególnych warstw aplikacji oraz odseparowanie bibliotek zewnętrznych.
Interfejs użytkownika, realizowany całkowicie przez przeglądarkę internetową, opiera się na bibliotece ExtJS. Komunikacja pomiędzy interfejsem a serwerem aplikacyjnym odbywa się z wykorzystaniem ustandaryzowanych komunikatów XML. System posiada własny mechanizm tworzenia interfejsu użytkownika na podstawie wewnętrznego mechanizmu kompilowanych szablonów. Ponadto system pozwala na budowanie dowolnych, równorzędnych interfejsów użytkownika w innych technologiach (Flash, Flex i inne).

Wszystkie aplikacje i systemy oparte na COBAEX wykorzystują spójny interfejs użytkownika dostępny przez najpopularniejsze przeglądarki internetowe - Internet Explorer, Firefox, Google Chrome, Safari, Opera.